No, è difficilissimo che montano una scheda madre diversa perchè il fattore-forma tra i vari modelli spesso è differente, così come la disposizione dei connettori e delle periferiche interne.
Al massimo potrebbe essere un problema di alimentazione sulle porte a creare il problema, ma secondo me la cosa migliore è provare a formattare per escludere un problema software (sopratutto se non lo avevi fatto dopo che ti avevano sostituito scheda madre).
Comunque se si tratta di un problema di driver dopo lo vedi subito perchè in Gestione dispositivi le porte USB avranno un errore (icona gialla). Questo se Windows non ha integrati già i driver del controller, altrimenti ci penserà direttamente lui a sistemare tutti i driver.