Ti sei addentrato in un argomento molto più complesso di quello che sembra....
Il click solitamente si sente quando avviene il posizionamento in stato di riposo del gruppo testine e nello stesso istante viene quindi incrementato il valore "load_cycles" dello SMART che esegue il conteggio dei cicli di posizionamento. I moderni hard disk sono in grado di reggere in media 600000 cicli proprio per ragioni fisiche (il valore medio è determinato con delle statistiche), quindi ovviamente più il valore viene incrementato rapidamente più la durata dell'hard disk sarà corta. Nei notebook spesso il sistema di risparmio energetico APM è programmato per avere un posizionamento se viene rilevato un periodo di inattività superiore a 5 secondi, inoltre su linux spesso può avvenire anche in modo ciclico a causa di un bug o del mancato supporto software (e questo è un problema). Il posizionamento a riposo però non è inutile, perchè solitamente contemporaneamente vengono disattivati anche il motore di spindle ed altre componenti (alcuni hd lasciano solo alimentato il controller per ricevere le informazioni dall'host) e quindi viene risparmiata molta energia e in alcuni casi si ha anche un minor sfruttamento dei componenti (sopratutto quando ci si trova in situazioni in cui ci sono lunghi periodi di inattività sul disco).
Tuttavia per ottimizzare la durata di un hard disk non deve essere eseguito troppo spesso, ma secondo me è sbagliato anche forzare la completa disattivazione perchè ci sarebbe un maggior consumo di energia e un'usura maggiore dei componenti durante i periodi lunghi di inattività su disco.
Nel tuo caso il software che stai utilizzando su Windows disabilita a tutti gli effetti il sistema APM, quindi non te lo consiglio. L'ideale sarebbe definire un valore personalizzato di Power Saving, alcuni utenti consigliano di settare il valore 128 con il software "Feature Tools" di Hitachi ma ricorda che per alcuni hard disk potrebbe essere necessario un valore differente (basta eseguire un monitoraggio del valore sullo SMART per vedere se sale troppo rapidamente). L'equivalente di quietHDD su Ubuntu dovrebbe essere in pratica l'ormai noto script bash con HDparm, che trovi anche in un precedente articolo:
Ubuntu accorcia la vita dei nostri dischi? - Notebook Italia
Anche in questo caso si ottiene la completa disattivazione in quanto il parametro -B è settato a 255. Tuttavia per definire un valore personalizzato che non comporti la completa disattivazione è sufficiente settare un valore inferiore al paremetro -B, sempre monitorando ovviamente il valore "load_cycles" dello SMART per vedere se sono necessarie correzioni.
